Škola byla založena Jednotou bratrskou v České republice. Stalo se tak po několika pokusech o obnovu bratrského teologického vzdělávání. Ředitelem a nositelem vize odborného vzdělávání pracovníků církve byl Ing. Jiří Helis. Svou historii začala škola psát v roce 1991 pod názvem Misijní škola Mikuáše Ludvíka Zinzendorfa. V prvních letech své existence úzce spolupracovala s britskou Covenant College. Od roku 1994 poskytovala možnost denního i dálkového teologického studia pro pracovníky Jednoty bratrské. Později byl v rámci nové koncepce vzdělávání posunut důraz na propojení teoretické přípravy s praktickým zapojením studenta v jeho místním sboru. V roce 2017 škola přijala svůj současný název, stala se zapsaným ústavem a rozšířila svoji působnost. Aktuálně poskytuje studium bratrské teologie ve dvou zaměřeních. Profesní zaměření studia je zakončeno udělením diplomu CFTh (Chartered Fraternal Theologian). Kredibilita studia je garantována českými i některými zahraničními biskupy Unitas fratrum.

Škola je tvořena čtyřmi katedrami zaměřenými na teologické předměty a Institutem dalšího vzdělávání ProfiEDU. Pro pracovníky Jednoty bratrské také připravuje vzdělávání v oblasti manželského a rodinného poradenství.

Institut dalšího vzdělávání ProfiEDU realizuje kurzy v oblasti sociálních služeb s akreditací MPSV, veřejné správy, manažerských dovedností apod. Více informací je k dispozici na webových stránkách institutu.

Studium bratrské teologie na Akademii Jana Blahoslava z.ú. je neuniverzitního typu a má charakter interního profesního vzdělávání pro pracovníky Jednoty bratrské v ČR. 

Celé studium probíhá dálkovou formou. Pro všechna studijní zaměření je vyžadována osobní účast studenta na úvodní přednášce k danému předmětu, následuje samostudium zahrnující m.j. vypracování eseje na zadané téma (zápočet) a předmět je zakončen prezenčně vykonanou ústní zkouškou nebo testem. Studenti, kteří si zvolí zaměření Křesťanská služba, nekonají závěrečnou zkoušku. Některé předměty jsou realizovány formou delších studijních výjezdů. Součástí studia je praxe na sboru nebo v jiné organizaci založené Jednotou bratrskou.

V průběhu studia je nutné splnit všechny zápočty a zkoušky, a to nejpozději 1 rok od úvodní přednášky k danému předmětu. K úspěšnému absolutoriu je potřeba dosáhnout odpovídajícího počtu kreditů v rámci zvoleného zaměření studia, doložit praxi, obhájit diplomovou nebo certifikační práci a uhradit školné. Průměrná délka studia je tři a půl roku. 

Školné je stanoveno dle časové dotace jednotlivých předmětů. Student ho hradí průběžně, a to vždy do 14 dnů od první přednášky k danému předmětu. Může ho také uhradit dopředu na celý rok, případně na celé studium. Školné je částečně dotované Jednotou bratrskou.

Pokud se student nemůže zúčastnit úvodní přednášky, ale přesto chce předmět v daném roce absolvovat, je povinen řádně uhradit školné a na splnění povinností k danému předmětu se připravít samostudiem. 

Zájemci mohou samostatně absolvovat vybrané předměty teologického studia. Školné v takovém případě není dotované. Pokud se následně rozhodnou pro celé studium, budou jim uznány již absolvované předměty.

Studenti, kteří absolvovali vybrané předměty stejného nebo obdobného zaměření na jiných vzdělávacích institucích, mohou podat řediteli akademie žádost o jejich uznání.